主人公「主人公「高木藤丸(たかぎ ふじまる):三浦春馬 」は、高校の親友2人を連れて、「国立生物科学研究所」へ向かった。
藤丸の父「高木竜之介(たかぎ りゅうのすけ)」を追いかけて、やってきたが何が待っているのか?
殺人ウィルス「BLOODY X(ブラッディ・エックス)」の抗ウィルス剤はここにあるのか?
父親の裏切り、テロリストの脅威など不安な藤丸にとって、同級生「朝田あおい(あさだ あおい):藤井美菜」と親友「九条音弥(くじょう おとや):佐藤健」が一緒であることは非常に心強かった。
藤丸ら3人が「国立生物科学研究所」へ入ると、そこで待っていたのは、父親ではなく、テロリストの殺し屋であった。容赦なく銃を撃ちこむテロリスト。
逃げるしかない藤丸ら3人。
この様子は既にテロリストの監視下にあった。テロリスト側のハッカーがセキュリティシステムへハッキングし、監視モニターから全てのぞかれていた。
逃げ続ける3人はパソコンルームに身を隠した。
無線LANが使えることに気が付いた藤丸は、すかさずセキュリティシステムへハッキングを始める。
藤丸は、一見高校生であるが、「ファルコン」の名を持つ天才ハッカーであった。
すぐに、何者かがシステムへ先にハッキングしていることに気が付く。そこから、ネットを通じて猛アタックを相手へ仕掛けるが、間一髪逃げられてしまう。テロリスト側のハッカーより、1枚上手の藤丸であった。
相手を退け、完全にセキュリティシステムをのっとった藤丸。ファルコンの技術を持ってすれば、造作も無いこと。
すかさず、追ってきたテロリストを誘導し、部屋に閉じ込めることに成功する。
監視モニターをのぞく藤丸の表情が突然緊張する。2人も一緒にモニターを覗き込む。
そこに映し出されていた人物とは・・・
ウィルスの権威「敷村 壮介(しきむら そうすけ):神保悟志」。抗ウィルス剤は彼の手にかかっている。
そして、その後ろに女テロリスト「折原 マヤ(おりはら まや):吉瀬美智子」も一緒だ。
敷村教授の監視役なのか?テロリスト側も敷村教授の抗ウィルス剤が必要であった。
敷村教授は、折原マヤへなにか、取引を持ちかける・・・『話がある・・・悪い話じゃない。』
しばらくして、敷村教授は、折原マヤから逃げる。どうやら敷村教授と折原マヤの交渉は成功したようだ。
一体どのような取引をしたのか?
部屋に閉じ込めれれたテロリストの殺し屋は、おとなしくしていない。すぐに銃で扉を破り再び藤丸達を追う。
逃げる藤丸達は、偶然敷村教授と出くわす。藤丸は待っていたように伝える。
『「BLOODY X(ブラッディ・エックス)」に感染した人が居ます。今すぐ病院へ・・・』
そこへ、サードアイの「加納 生馬(かのう いくま):松重豊」が合流する。加納からサードアイ本部指令「霧島 悟郎(きりしま ごろう):吉沢悠」へ第一報が入る。
敷村教授確保・・・ひょっとしたら、至上最悪の殺人ウィルス「BLOODY X(ブラッディ・エックス)」の第二の感染者「中川沙織(なかがわ さおり):原田佳奈 」を救うことが出来るかもしれない。彼女は、霧島のフィアンセであり、サードアイの誰もが生存を望んでいた。
しかし、逃げる藤丸達に突然の発砲。テロリストの殺し屋だ。
激しい銃撃戦の攻防が続く。
殺し屋の後ろに折原マヤが立つ。加勢しにきたのか?・・・いや、違う・・・
殺し屋の背後から銃口を向け、不気味な笑みを浮かべながら・・・
『ごめんなさいね・・・』
次の瞬間、銃声が響き渡る。駆けつけるサードアイのメンバー。そこには・・・赤い血でそまる床であった。だれが撃たれたのか?あのテロリストの殺し屋なのか?
逃げる藤丸達・・・そして、やっと出口にたどり着いたとき・・・一人の男の影が・・・
その男は、「高木竜之介(たかぎ りゅうのすけ):田中哲司」であった。しかし、様子がおかしい。
本当の抗ウィルス剤がどこに隠しているのか?教えろと、銃口を向けて脅迫する。藤丸が2人の間にわって入ろうとする。しかし、今度は銃口を藤丸に向ける。ショックを隠せない藤丸。裏切られてしまったのか?
そこへサードアイのメンバーが駆けつける。形勢が逆転し、高木竜之介は姿を消す。
現場調査を続けるサードアイ「加納」へ第二の感染者「中川沙織」の死が報告される。ついに、第二の犠牲者が出てしまった。
悲しみの中、サードアイ本部へ戻る。
テロリストに捕まっていた敷村教授は、テロリストのアジトをサードアイへ伝える。しかし、行った先は完全にもぬけの空であった。
サードアイの霧島は敷村教授を疑っていた。それは・・・
・何故テロリストは、「敷村教授が抗ウィルス剤を持っている」と考えたのか?
・敷村教授の助手や共同研究者から「BLOODY X」の実験に成功したと聞くが、それなら何故、ショッピングモールやウィルス感染者第一号発病時に黙っていたのか?
何故?
本当に敷村教授は、抗ウィルス剤の開発に成功しているのか?